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  • 蛋白質印跡法（免疫印跡試驗）即Western Blot ，其基本原理是通過特異性抗體對凝膠電泳處理過的細胞或生物組織樣品進行着色 。
  • 在固相載體（如聚苯乙烯反應板）上包被抗原或抗體後 。通過抗原抗體反應使酶標抗體（或酶標抗原）結合到載體上 。經洗滌使結合的酶標抗體和游離的酶標抗體分離 ，洗去游離的酶標抗體（或酶標抗原） ，加入底物顯色 。根據顏色深淺進行定性或定量分析 。
  • 質譜法分析蛋白的基本原理是通過電離源將蛋白質分子轉化為離子 ，然後利用質譜分析儀的電場 、磁場將具有特定質量與電荷比值（M/Z）的蛋白質離子分離開來 ，經過離子檢測器收集分離的離子 ，確定離子的M/Z值 ，分析鑑定未知蛋白 。
  • 免疫共沉澱（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用於研究蛋白質相互作用的經典方法 。是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法 。